分子医学国际博士课程完全以英语授课。在三年或最多四年的学习期间，学生必须参加一些必修活动。主要教学活动包括讲座 以及期刊俱乐部和每两周一次的研讨会及进度报告。讲座提高你的专业知识让来自不同学科的毕业的学生更新独立于他们的科学背景进行分子医学研究所需的基本知识。在研讨会、进度报告，学生接受培训，可以向同学交流和展示自己的研究数据，并将其置于更广泛的国际背景下。此外，学生必须每年参加由外部演讲者主讲的30场系列讲座。另一个重要的必修课程是 在实际工作开始时举行的良好科学实践研讨会。

乌尔姆培训概念的一个特殊元素是两个中间评估，博士生必须通过完成第一年和第二年的学习。这两项评估都在每年4月和10月举行的国际会议期间进行，包括海报展示和/或公开演讲。通过他们的公共框架，考试有助于博士生积极融入国际科学界，并确保科学项目的适当进展。博士生有机会向专业的国际科学家寻求建议。只有成功通过中间评估的学生才能进入下一年的学习。

在博士学习结束时，学生可以获得德国自然科学博士学位（Dr.rer.nat.） 或国际学位哲学博士（PhD）。他们必须在第二次中间评估考试后决定攻读其中一个学位。

除了课程研讨会和讲座，乌尔姆还为博士生提供各种各样的可选活动。其目标之一是让学生深入了解将来雇主的工作，例如组织参观制药和生物技术公司。与国际合作大学和行业合作伙伴合作的暑期学校和其他科学活动激励学生加深他们在基础科学和实际应用方面的知识。此外，还会不定期组织专注于特定研究主题的科学会议和范围广泛的关键能力研讨会，以提高毕业生的就业能力。从这些可选活动中，学生每年必须至少选择两门课程。

在博士培训的前两年内，学生还应参加至少两次实践培训课程在不同的实验室或项目中。这使他们能够学习超越自己研究领域的知识和创新技术，并与未来可能的雇主建立联系。